這是一個系統而復雜的問題，首先我們先弄明白以下幾點：
1、COD在污水處理中，并不難降下來，難處理的恰恰是氨氮，它叫化學耗氧量，不是BOD，BOD叫生物耗氧量。換句話說，用菌能處理的只是BOD，并不是COD。BOD是可生化處理的部分，組成BOD的部分主要是有機質，菌劑只能處理BOD。
  一般情況下，COD是大于BOD的，COD中不可生化的部分，菌劑一般是處理不了的。BOD/COD的比值一般是這種污水的可生化性指標之一，所以，如果是說到菌劑來處理，我們就只說BOD了。一般情況下，像生活污水、河道、養殖場糞污等，其COD基本上就是BOD。

2、到底用什么菌降低BOD比較好呢？可以這么說，只要是好氧性的細菌，都能降BOD。差異無非是耗氧分解它們，但在污水處理中，我們更需要經過微生物菌劑處理后，能形成菌膠團（一種絮狀物團塊）。
  在水產養殖中也有用生物絮團養殖模式的，這其中的生物絮團其實也就是菌膠團。為什么要形成菌膠團呢，因為我們的目的是為了凈水，而不僅僅是為了分解有機質。凈水的目的就是要把COD中的碳氮元素從污水中拿掉，即富集起來，通過沉淀后去除，徹底的拿掉它，成為干凈透明的水。
  這需要我們的菌不僅要分解有機質，還要吸收它們，成為菌體細胞，形成菌膠團。只有形成有一定沉淀性的菌膠團（剛性或粗大的菌膠團），才能通過各種沉淀措施（絮凝劑，斜板沉淀池）把它們沉淀下來，再分離出這些沉淀物，從而實現凈水的目的。
  從以上原理上說，我們選擇菌劑就有方向了，分解有機質比較好的是芽孢桿菌，因為芽孢桿菌能分泌非常多的有機質分解胞外酶，并吸收它們，枯草芽孢桿菌就比較好了。如果是處理糞污糞便類的生活污水或養殖場污水，則以糞腸球菌屎腸球菌為好（并配合芽孢桿菌類），結合解磷解鉀菌類，來釋放磷并被吸收成菌膠團中的成分。
  有一些有特殊臭味的如有臭雞蛋氣味硫化氫的，還需要用到硫化物氧化細菌等。還有為了協同微生物的作用，還要用到酵母菌（產生B族維生素和細菌生長因子，為其他菌類提供特殊營養）。為了減少碳源的投入，有光照的污水處理場，還可以用光合細菌，可以節省人工碳源（因為光合細菌能利用二氧化碳作為碳源）。所以，我們所用的菌必須是一種復合菌。
  說到復合菌，其實比較好的污水處理廠的菌劑。污水處理廠本身經過長期培育出來的叫“活性污泥”，新建議的污水處理場，一般要培育2個月以上?；钚晕勰嘀袕碗s的微生物與廢水中的有機營養物形成了復雜的食物鏈，擔當凈化任務的是異氧菌和腐生性真菌。細菌特別是球狀細菌起者最關鍵的作用，優良運轉的活性污泥，是以絲狀菌為骨架由球狀菌組成的菌膠團。沉降性好，隨著活性污泥的正常運行，細菌大量繁殖，開始生長原生動物，是細菌一次捕食者。
  活性污泥常見的原生動物有鞭毛蟲、肉毛蟲、纖毛蟲和吸管蟲?；钚晕勰喑墒鞎r固著型的纖毛蟲、種蟲占優勢；后生動物是細菌的二次捕食者，如輪蟲、線蟲等只能在溶解氧充足時才出現，所以當出現后生動物時說明處理水質好轉標志。所以，實際上活性污泥是一種復合型的生物相體。在實踐中，我們是以培育適合于本場的活性污泥為主。這種活性污泥，在運轉一段時間后，趨于穩定，有時為了更好的處理效果，才添加人工菌劑。如強微的“城市垃圾污泥河段處理菌劑”，城市垃圾污泥河段處理菌劑也是一種復合菌劑，其中有好氧菌也有厭氧菌。
  好氧菌中包括糞腸球菌、屎腸球菌、反硝化細菌、解磷解鉀菌、硫化物氧化細菌、酵母菌、乳酸片球菌、枯草芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌。其他芽孢桿菌，模擬自然生態按合理的比例菌數復合而成，我們有處理豬場糞污的經驗，一般每個月在活性污泥培育池或直接在曝氣池中添加10克/立方米，一個月添加一次即可，可以顯著增強污水的處理效果。所以說，這個問題本身并不是一個單個的菌能處理得了的，即使是在水產養殖池塘中。其實水產養殖水體也是一個污水處理廠，只是其中的COD、氨氮、總磷含量都極小的污水處理廠，并加上了藻類的生態系統，能在極短的時間內形成動態的生態平衡。

3、第三點，要高效處理COD，曝氣是重要的一環，既然叫化學耗氧量。生物耗氧量（一般是指五日耗氧量），那么往系統中不斷充入氧氣是必須的，也是重要的一環，這是耗氧量的氧氣來源，是必不可少的。
只在充足的溶解氧的前提下，微生物分泌的胞外分解酶才能豐富起來。微生物繁殖的速度快，才能快速的把有機污染物變成菌體細胞本身，才能較快的形成菌膠團。充分的曝氣也是培育活性污泥的手段，以曝氣為主，厭氧為輔。
4、要降BOD，還得有一個合理的BOD/TN的比例，這個比值，也可以叫碳氮比，即BOD和污水中總氮的比值。良好的高效處理有機污水的這個比值應該在10以上為好，也就是說，光有BOD，沒有氮源（實際上不可能沒有氮的，糞污中的氮很多），也是降不了BOD的。這是因為微生物菌劑的生長繁殖，需要C、N、P等主要營養元素，以及其他微量元素等；只有C元素（一般代表BOD）而缺少其他元素，也形成不了菌膠團。
  對于采用A/O工藝，即厭氧池/曝氣池交替使用，既脫COD又脫總氮的工藝的。也即反硝化池/硝化池,交替使用，或采用大比例的回流（如回流比600%以上的，也相當于交替）的，則BOD/TN的比值最少也要4以上。因為反硝化池會脫氮，間接地也相當于提高了碳氮比。
  所以，具體情況要具體分析，并不是說用某一個菌就能處理一切的問題，不是這樣的，不同的污染物來源不同，污水處理廠中所培育出來的活性污泥中的生物相也差別巨大，所用的人工菌劑也會有所不同。所以，這是一個比較系統而復雜的問題。